Le ultime raccomandazioni dell'American Academy of Paediatrics a favore della circoncisione [1] hanno suscitato alcune critiche [2,3].
In particolare, viene messa in discussione l'eticità di una pratica agita su un minore che non può esprimere il consenso per un vantaggio che, eventualmente, potrà concretizzarsi in età adulta [4,5]. Lasciare la decisione a quando il ragazzo sarà in grado di auto-determinarsi sembrerebbe a questi autori più etico.

Altri autori si concentrano sui possibili effetti avversi associati all'intervento [6], in particolare facendo riferimento a un unico studio che quantifica i danni associati alla circoncisione in circa 100 casi di morte l'anno nei soli Stati Uniti di America [7]. Lo studio, pubblicato su rivista peer reviewed non indicizzata, è firmato da un ricercatore che si autodefinisce intattivista, quindi contrario alla circoncisione. 

Una altra valutazione dei rischi associati alla circoncisione ha raggiunto conclusioni più caute [8]. Gli autori hanno utilizzato i dati del NIS (National inpatient sample) valutando il numero di morti entro i primi 30 giorni di vita occorsi in occasione dello stesso ricovero in cui avviene la circoncisione. Il tasso risulta essere pari a 10.2 morti ogni 500.000 circoncisioni. Gli eventi sono più frequenti in caso di co-morbidità quali: alterazioni della coagulazione, cardiopatie, pneumopatie, alterazioni idro-elettrolitiche. Sarebbe quindi importante in queste categorie di pazienti valutare con attenzione il bilancio rischi/benefici della circoncisione. Gli autori sottolineano che è possibile una sottostima delle morti (si perdono quelle che occorrono dopo il ricovero, o i casi di circoncisioni non eseguite in ospedale), così come è verosimile anche una sovrastima dell'associazione, quando la morte occorra durante il ricovero, ma per altre cause. In conclusione, come tutti gli interventi, anche la circoncisione non è esente da rischi che, per quanto rari, vanno considerati dal momento che l'intervento viene proposto a bambini sani. Il bilancio costi/benefici è quindi complesso [8].
Non tutti concordano sulle complicanze associate alla circoncisione: casi di infezione anche grave da HSV, riportate in alcuni case-report [9,10] non sembra possano essere attribuiti direttamente alla pratica rituale [11]. 

Eventuali critiche alla circoncisione [12] vanno discusse distinguendo la circoncisione praticata per motivi religiosi o rituali da quella praticata come intervento di salute pubblica. In questo ultimo caso, né AAP né Organizzazione mondiale della sanità (World Health Organization - WHO) raccomandano la circoncisione come intervento isolato per la prevenzione dell'HIV e delle STIs, piuttosto come una componente di un pacchetto più ampio [13]:

WHO, inoltre, specifica che questo intervento andrebbe promosso in quei contesti in cui a un basso tasso di circoncisione corrisponda una elevata incidenza di infezione da HIV [13].

La società scientifica dei medici olandesi è fortemente critica rispetto a questo tema [14]: l'integrità del corpo di un soggetto che non può decidere in autonomia sarebbe da salvaguardare in ogni caso. La bassa incidenza di infezione sia del tratto urinario che da HIV nei paesi del nord Europa, unitamente alla disponibilità di altri metodi per prevenire e ridurre queste infezioni, rendono inaccettabile la circoncisione. L'unica motivazione per la quale gli autori olandesi si astengono dal chiederne la messa al bando è il timore che venga comunque praticata in maniera clandestina aumentando i rischi per il bambino che la subisce.

Fra le argomentazioni portate dai detrattori della circoncisione c'è anche la possibile riduzione del piacere sessuale negli uomini circoncisi e nelle loro partner. In realtà la ricerca sull'argomento non è semplice e i risultati non sono univoci: non sono molte, infatti, le donne che hanno sperimentato entrambe le condizioni (circoncisione e non circoncisione) con lo stesso partner. Similmente, valutare la soddisfazione sessuale in un uomo che si circoncide in età adulta potrebbe non essere accurato se il tempo intercorso fra l'intervento e l'intervista non è opportunamente calibrato. Uno studio condotto in Canada su 62 uomini di età compresa fra 18 e 37 anni (30 circoncisi e 32 intatti) ha cercato di utilizzare un metodo oggettivo di misurazione della sensibilità del pene. Viene testata la sensibilità al tocco, calore, dolore e la soglia del dolore da calore del prepuzio, glande e altre parti del pene e si confronta, per controllo, con quella dell'avambraccio. Lo studio non rileva differenza nelle soglie di sensibilità e dolore fra circoncisi e non. Inoltre, la sensibilità del prepuzio non è maggiore di quella dell'avambraccio, mentre quella di altre parti del pene lo sono. Quindi non sarebbe vero che il prepuzio è la parte più sensibile del pene. [15]. Infine, una revisione sistematica di survey condotte fra donne in diversi setting, dal Regno Unito, Canada, Cina, India, Giappone, Corea e paesi africani, rileva una generale preferenza delle donne per i rapporti sessuali con uomini circoncisi [16]. I dati dai paesi africani appaiono ovviamente influenzati dalle campagne informative sulla riduzione del rischio di infezioni e vanno quindi interpretati con cautela.