Sono universalmente raccomandati i test diagnostici di laboratorio che utilizzano tecniche di amplificazione dell'acido nucleico (nucleic acid amplification test, NAAT) poiché presentano una sensibilità e una specificità maggiori rispetto ai test colturali o basati sulla rilevazione degli antigeni [1-5]. Un ulteriore vantaggio deriva dalla loro minore invasività, i NAAT test sono infatti eseguibili su materiale ottenuto con un semplice tampone vaginale o un campione di urine.
Il test sierologico non è invece utile per la diagnosi di infezione acuta [1].

Alcune linee guida consigliano un tampone endocervicale o vaginale in caso sia necessario un'esame pelvico, in caso contrario è preferibile un test sulle urine o un tampone vaginale prelevato dalla donna stessa [2-5].
Per i soggetti maschi il campione di urine o il tampone uretrale hanno mostrato la stessa sensibilità, ma anche in questo caso il primo risulta preferibile per il minor discomfort e la facilità di raccolta [2-5].