La prevenzione e la diagnosi di alcune infezioni congenite dipendono dalla diagnosi di infezione nella donna in gravidanza e dagli eventuali interventi profilattici o terapeutici realizzabili durante la gravidanza stessa, il parto o direttamente sul neonato.
Lo screening sierologico in gravidanza di routine è raccomandato universalmente per HIV, sifilide, epatite B e rosolia.
Per altre infezioni (Toxoplasma, Chlamydia, Citomegalovirus, HCV, HSV) lo screening non è raccomandato, o lo è incostantemente soprattutto sulla base della prevalenza dell'infezione nella specifica area geografica.