Le linee guida (LG) sono percepite come uno strumento basato sulle prove (evidence based) e non sull'autorità (opinion based) e, quindi, come uno strumento valido e privo di distorsioni sistematiche. Poiché dovrebbero essere prodotte da organizzazioni composte da esperti secondo processi apparentemente formali, viene generalmente assunto che le LG hanno il medesimo livello di validità generato dal metodo scientifico convenzionale.[1] In realtà, si registrano casi di LG prodotte sul medesimo argomento che contengono raccomandazioni fra di loro conflittuali [2,3] o raccomandazioni basate su studi non adeguatamente valutati [4]. Questo limite è stato accertato anche in LG di ambito ostetrico.[5-10] 
Questa debolezza delle LG viene attribuita a cause diverse. È stato riconosciuto che i componenti dei gruppi che sviluppano LG sono portatori di propri valori e affetti da bias che possono condizionare la formulazione di raccomandazioni. I bias possono essere inconsci e, quindi, non riconosciuti. La conversione delle informazioni in raccomandazioni procede attraverso giudizi, almeno parzialmente, soggettivi. La mancata esplicitazione di questi elementi impedisce ai destinatari delle LG di individuare la presenza di bias che possono aver condizionato la formulazione di raccomandazioni.[11,12]

I motivi per i quali due gruppi - sulla base della medesima revisione sistematica della letteratura - giungono a formulare raccomandazioni discordanti possono essere suddivisi in due categorie: ragioni legittime e ragioni non giustificabili.

Le ragioni legittime includono differenze sulla rilevanza degli esiti considerati, il peso attribuito ai rischi di distorsione (bias) presenti negli studi, la trasferibilità dei risultati al contesto di applicazione della raccomandazione e l'importanza relativa dei benefici e dei rischi stimati dell'intervento.

Le ragioni non giustificabili includono la mancata identificazione di rilevanti prove di efficacia o la loro esclusione, l'inadeguatezza a valutare criticamente le prove di efficacia, l'incapacità di considerare esiti che sono importanti per il paziente, la valutazione scorretta degli esiti e, non ultimo, i diversi tipi di conflitto di interessi.[2]
 
Conflitti di interesse. In uno studio, relativo a 44 LG, 87% degli autori aveva forme diverse di legame con l'industria.[13] Una ricerca ha determinato la prevalenza di conflitti di interesse economici nei membri dei panel di 14 linee guida su screening e/o trattamento di iperlipidemie e diabete prodotte da organizzazioni nazionali negli Stati Uniti e in Canada fra 2000 e 2010. In 150 (52%) dei membri dei panel è stata rilevata la presenza di un conflitto di interesse, 138 dei quali dichiarati e 12 non dichiarati. La probabilità di conflitto di interesse è risultata inferiore fra i membri di panel di LG finanziate da agenzie governative rispetto ai componenti di panel di LG finanziate da fonti non governative (15/92 (16%) versus 135/196 (69%); p <0.001).[14] Esaminando le 17 più recenti linee guida prodotte da American College of Cardiology/American Heart Association, una ricerca ha rilevato la presenza di almeno un conflitto di interessi nel 56% dei 498 partecipanti ai diversi panel.[15] È stato inoltre rilevato che i clinici che partecipano alla elaborazione di LG sono spesso influenzati da ugualmente importanti, ma non altrettanto dichiarati, conflitti di interesse intellettuali.[3] Il problema è riconosciuto da tutte le agenzie produttrici di LG, ma non esiste un criterio uniforme e condiviso per determinare e governare i conflitti di interesse dei componenti dei panel chiamati a elaborare raccomandazioni per la pratica clinica.[17]
Oltre alla presenza di conflitti di interesse, fra i limiti individuati nel processo di elaborazione delle LG sono compresi: la composizione e le modalità di conduzione del panel che produce la LG; la mancata trasparenza delle divergenze emerse all'interno del panel; la mancanza di una peer review indipendente.[1]

Composizione del panel. Prove empiriche suggeriscono che la composizione del gruppo che ha il compito di redigere la LG influenza le modalità con cui sono definite le raccomandazioni.[1] La conversione delle prove di efficacia in raccomandazioni comporta da parte degli esperti un giudizio soggettivo che può essere influenzato dal sistema valoriale dei membri del panel.[19] Questo sistema valoriale rimane in gran parte dei casi implicito e i possibili bias associati al giudizio soggettivo risultano difficili da individuare per chi consulta la LG.
Una serie di bias possono caratterizzare la composizione del panel.[20] Un primo bias è rappresentato dalle modalità con cui l'organizzazione promotrice delle LG seleziona il gruppo di professionisti cui conferire il mandato. Il committente può determinare una diversa composizione del panel al fine di rispondere a obiettivi diversi; le società scientifiche possono avere interesse a garantire una forte (a volte esclusiva) presenza di specialisti per accrescere la propria influenza su aree di interesse multidisciplinare, mentre agenzie di salute pubblica possono affidare la loro rappresentanza a professionisti in grado di garantire una limitazione dei costi.
Un secondo bias può essere costituito dalla decisione di includere nel panel gli autori di uno o più degli studi clinici presi in esame per la formulazione delle raccomandazioni; nel caso di studi con risultati discordanti, ne potrebbe derivare una tendenza ad assumere, quale punto di riferimento, i dati delle ricerche condotte dai membri del panel. In questo caso il bias sorge da un potenziale conflitto di interesse intellettuale difficile da far emergere. Nella formazione dei panel può venire privilegiata la presenza di professionisti delle diverse specialità cliniche coinvolte e rimanere sottodimensionata la presenza di epidemiologi, economisti e professionisti dell'organizzazione sanitaria. Queste figure professionali, accanto al ruolo di supporto metodologico, hanno la funzione di costituire una sorta di coscienza critica che porta - all'interno del panel - il punto di vista del sistema sanitario nel suo complesso, come ad esempio la compatibilità e omogeneità delle raccomandazioni con quelle derivanti da LG relative a altri temi o interventi.

Multiprofessionalità e ruolo dei cittadini e dei pazienti nel panel sono ancora meno definiti.[21] Il contributo dei professionisti sanitari non medici e quello dei laici può essere compromesso da una asimmetria di potere fra i diversi ruoli che riduce le potenzialità derivanti da letture diverse dello scenario. L'idea di integrare nel panel i pazienti in quanto portatori di storie, narrazioni, conoscenze e l'idea di confrontare la definizione di gravità secondo il professionista con quella di importanza per il paziente è altamente suggestiva. Rimangono tuttavia da definire alcuni elementi nodali:

Per ovviare ai problemi e alle difficoltà prima segnalate, l'elemento cardine viene considerato la multidisciplinarietà del gruppo, in quanto (1) accresce la probabilità che tutte le informazioni rilevanti derivate dalla ricerca vengano identificate e valutate criticamente; (2) aumenta la probabilità che le difficoltà di trasferimento di linee guida nella pratica clinica vengano individuate e affrontati; (3) estende il senso di coinvolgimento o di riconoscimento nel documento tra i destinatari (professionisti e pazienti) della linea guida.[22] Su questo punto il consenso è unanime.[23,24-28]
Nonostante le modalità di composizione del panel nel processo di formulazione delle LG non siano state compiutamente valutate,[29] disponiamo comunque di una serie di indicazioni metodologiche che definiscono la composizione dei panel:[1,30]

Sono state proposte anche soluzioni apparentemente più radicali, come quella di affrontare separatamente il processo di analisi delle prove di efficacia da quello della stesura delle raccomandazioni.[3] In questa proposta, un gruppo di clinici esperti ha il compito di formulare i quesiti per i quali un centro di supporto metodologico reperisce, valuta criticamente e sintetizza le risposte disponibili in letteratura. Metodologi privi di conflitti di interesse valutano e selezionano le informazioni disponibili e preparano una bozza di raccomandazioni che sintetizza e interpreta le prove di efficacia rilevanti. Dove necessario e su specifici temi, i metodologi avrebbero la possibilità di consultare clinici esperti. Ai metodologi viene affidata la responsabilità finale della formulazione delle raccomandazioni. Distinguendo in questo modo la valutazione, la selezione e l'interpretazione delle prove e delle relative implicazioni cliniche (effettuato con la partecipazione di clinici esperti) dalla definizione delle raccomandazioni verrebbero minimizzati i bias dipendenti da tipi diversi di conflitti di interesse dei quali i clinici e, talvolta, i pazienti sono portatori.