L'Organizzazione Mondiale della Sanità (OMS) raccomanda i seguenti agenti farmacologici per la profilassi della congiuntivite neonatale  [1]:

Le linee guida dell'OMS per le infezioni sessualmente trasmesse (IST) raccomandano la profilassi oftalmica topica per la prevenzione della congiuntivite da Neisseria gonorrhoeae e da Chlamydia trachomatis a tutti i neonati. Essendo queste infezioni frequentemente asintomatiche risulta difficile accertarne la reale prevalenza tra la popolazione generale a livello locale e nazionale [2]. Il documento OMS è stato sviluppato tenendo in considerazione i contesti sanitari di tutte le nazioni del mondo incluse quelle non industrializzate nelle quali le strategie per indirizzare correttamente la prevenzione sulle madri o neonati a rischio possono non essere facilmente attuabili [3].

Anche US Preventive Services Task Force nell'aggiornamento 2019 afferma nuovamente l'indicazione all'esecuzione della profilassi oculare oftalmica per tutti i neonati per la prevenzione della congiuntivite da gonococco e condizioni a essa correlate [4].  AAP afferma che nelle zone in cui Neisseria gonorrhoeae ha una elevata prevalenza e lo screening prenatale non può essere assicurato oppure nei paesi in cui ci sia obbligo di profilassi, tutti i neonati -compresi quelli nati da taglio cesareo- dovrebbero ricevere il trattamento profilattico con unguento oftalmico a base di eritromicina 0.5%. AAP giudica improbabile che un ritardo di un'ora dalla nascita nell'applicazione oculare, al fine di favorire il contatto madre-bambino, possa diminuirne l'efficacia profilattica. Ritardi superiori all'ora non sono stati studiati. Se eritromicina 0,5% non fosse disponibile AAP indica come alternativa azitromicina oftalmica 1%, in caso di indisponibilità ciprofloxacina oftalmica 0.3% [5].

Una revisione sistematica (RS) Cochrane condotta nel 2019 con l'obiettivo di valutare l'efficacia dei farmaci nel prevenire la congiuntivite infettiva neonatale, ha incluso 14 farmaci (30 studi clinici - 18 condotti in paesi ad alto reddito e 12 in paesi a medio e basso reddito - 79.198 neonati). La RS ha considerato separatamente la congiuntivite da Neisseria gonorrhoeae e quella da Chlamydia trachomatis, oltre ad altre congiuntiviti di tipo batterico, congiuntivite dovuta a una qualunque causa e a congiuntivite di causa ignota. Gli autori concludono che i neonati ai quali sia stata somministrata una profilassi hanno un rischio ridotto di sviluppare congiuntivite rispetto ai neonati ai quali non sia stata somministrata nessuna profilassi. Le prove di efficacia per specifiche cause di congiuntivite (Neisseria gonorrhoeae e Chlamydia trachomatis) sono meno forti in quanto l'incidenza è bassa nei campioni presi in esame. In nessuno degli studi inclusi nella revisione sono stati raccolti dati su cecità o altri esiti oftalmici avversi. La comparazione tra i diversi tipi di interventi farmacologici non ha evidenziato nessun intervento significativamente superiore ad altri ma i dati sono limitati [6].