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Le conseguenze ostetriche e psicologiche delle mutilazioni genitali, sebbene oggettive e documentate, sono da contestualizzare in relazione all'ampia varietà di tipi di operazioni e di contesti in cui esse vengono praticate. Infatti, gli effetti fisici e psicologici e le conseguenze delle MGF/E dipendono da molteplici fattori: il tipo di modificazione genitale, l'esperienza di chi esegue la pratica, le condizioni igieniche in cui viene eseguita, il grado di "pressione" psicologica da parte della famiglia; ecc. Fuori da ogni allarmismo, è più corretto parlare di "rischi" sanitari e utilizzare le informazioni mediche in funzione di una capacità di riconoscimento dei sintomi.
La più diffusa conseguenza sanitaria delle MGF/E è connessa ad eventuali emorragie al momento dell'operazione e successivamente a svariate forme d'infezione delle zone genitali e circostanti. La letteratura mostra anche effetti fisiologici, sessuali e psicologici a lungo termine delle MGF/E; questi includono frigidità, malformazioni genitali, menarca ritardato, complicazioni pelviche croniche, ritenzione urinaria e tutta una serie di complicazioni ostetriche.